js setTimeoutのコールバックに引数を渡す時は、setTimeoutの第3引数

// OK
setTimeout(function(){
	$('.target').eq(index).stop().animate({
		opacity: 1
			}, { duration: 300, easing: 'easeOutCubic' }
	); // animate
}, 400, index ); // setTimeout

// NG
setTimeout(function(index){
	$('.target').eq(index).stop().animate({
		opacity: 1
			}, { duration: 300, easing: 'easeOutCubic' }
	); // animate
}, 400 ); // setTimeout