prototype.js と jquery.js の並用は、noConflict()メソッドしてjQueryはカプセル化を行う
jQuery.noConflict();
jQuery(function($){
$('#debug').text('テストテストです。');
});
jQueryには他のライブラリー（prototype.jsなど）との衝突回避のためにnoConflict()メソッドが用意されています。
prototype.js の後、jQueryを読み込み、次のコードを実行します。
jQuery.noConflict();すると、jQueryの$は機能しなくなり、$関数は prototype.js のものが動作するようになります。
ただ、そのままだとjQuery の $ は使えないので、特定の範囲内だけ
$ = jQuery と扱われるようにカプセル化をします。
間違えやすいのは「function($)」の$を入れないと、引数として渡らないので動かないことです。
正
jQuery(function($){
// jq code
});
誤
jQuery(function(){
// jq code
});